I fondi bibliografici dell'"Ente Raccolta Vinciana", la fototeca e le raccolte diverse, costituiscono uno dei tre più importanti punti di riferimento al mondo per lo studio dell'opera di Leonardo. Vi si contengono, oltre a rare pubblicazioni dal Cinquecento in poi e alcuni manoscritti, tutte le edizioni in fac-simile dei manoscritti di Leonardo, da quelli più antichi, risalenti alla seconda metà del XIX secolo, a quelli più recenti, editi sotto l'egida dell'Accademia Nazionale dei Lincei (Roma), della Reale Commissione Vinciana (Roma), dell'Institut de France (Parigi), della Commissione Nazionale Vinciana (Roma).

Il patrimonio bibliografico dell'Ente, composto da un patrimonio di più di 5.800 opere, fino a tutto il 1989 è stato schedato insieme a quello della Biblioteca Leonardiana di Vinci, dal professor Mauro Guerrini, e la schedatura è stata pubblicata in un'opera monumentale di 2200 pagine costata sei anni di lavoro e quasi cento milioni di spesa, divisi tra l'"Ente Raccolta Vinciana" e il Comune di Vinci. Accanto alla biblioteca va ricordato l'archivio fotografico dell'"Ente Raccolta Vinciana", che raccoglie numerose e talvolta rarissime fotografie di opere di Leonardo e della sua cerchia e loro particolari (spesso di rilevante importanza perché riproducenti opere di ubicazione ignota o non più esistenti o, nel caso di restauri, perché ne documentano l'aspetto precedente), o dipinti, sculture e incisioni attinenti all'iconografia leonardesca.